うるう秒の調整が終わったら起動。
#cronに以下を挿入
01 00 30 06 * /etc/init.d/ntpd stop >/dev/null 2>&1
05 09 01 07 * /etc/init.d/ntpd start >/dev/null 2>&1
以上、これ以外なにも必要なし。
【参考情報】
https://access.redhat.com/ja/node/1362753
うるう秒挿入後に Leap Second Insertion フラグを削除する
http://www-06.ibm.com/jp/linux/tech/doc/0019db89.html
【Technical Notes】Linux システムクロックの『うるう秒』調整
http://hiroki.jp/leap-second-2015
7/1の閏秒を迎えるにあたってLinuxでは何をすべきか?
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